Tâm con người luôn luôn bị ảnh hưởng bởi ba loại phiền não: (1) phiền não tác động (2) phiền não tư tưởng và (3) phiền não ngủ ngầm.
(1) phiền não tác động xuất hiện qua hành động và lời nói, được diệt tận bằng Giới Học,
(2) phiền não tư tưởng xuất hiện dưới ý nghĩ muốn chiếm đoạt, mưu hại .. được diệt tận bằng Định Học.
(3) phiền não ngủ ngầm ẩn tàng trong tâm con người từ nhiều kiếp là gốc rễ của phiền não tư tưởng và phiền não tác động. Loại phiền não này chỉ được diệt tận bằng Tuệ Học.
Ba loại phiền não này được diệt tận bằng Tam Học: Giới-Định-Tuệ.
Giới học loại bỏ được phiền não tác động nhờ sự giữ giới. Định học chế ngự được phiền não tư tưởng nhờ thực hành thiền định. Tuệ học diệt tận được phiền não ngủ ngầm nhờ Minh Sát tuệ và Thánh Tuệ.
Do sự giữ gìn thân khẩu và nhờ tạo thành thói quen không làm điều bất thiện, hành động và lời nói trở nên hòa nhã và dễ mến. Thiện nghiệp tạo nên bởi giới hạnh trong sạch có năng lực rất lớn và có hiệu quả hơn so với thiện nghiệp tạo nên từ sự bố thí. Nhờ giới hạnh, bạn không bị khổ vì nuông chịu lòng ham muốn làm ảnh hưởng đến thân khẩu.
Tuy nhiên, đối với phiền não tư tưởng xuất hiện qua ý nghĩ không thể chế ngự bằng giới vì bạn không thể bằng cách đơn giản nói là “Tôi không ham muốn”. Loại phiền não xuất hiện trong tâm này chỉ được chế ngự bằng sự thực hành chánh niệm. Phiền não tư tưởng xuất hiện dưới ý nghĩ chiếm đoạt, tà hạnh khi có sự tham lam thái quá, hay ý nghĩ mưu hại, muốn giết, khi có sự sân hận quá mức, hoặc có sự cố ý dối trá để hãm hại hay lường gạt. Tất cả các tư tưởng bất thiện nảy phát xuất từ tham lam, sân hận và si mê. Do đó, phiền não tư tưởng không thể chế ngự bằng phương cách thông thường. Chỉ với chánh niệm mới có khả năng bảo vệ được tâm. Chánh niệm chỉ có được qua sự tu tập bằng sự tham thiền.
Khi tâm chưa phát triển, tâm mang đầy ô nhiễm. Tâm không bị kiểm soát, buông lung chạy theo những gì ưa ghét, như khi tâm ước muốn thấy vật đẹp hay nghe âm thanh hay, sự ham thích thái quá khiến phát sinh ý muốn chiếm đoạt, hay trở nên ích kỷ. Một tâm như vậy được xem là chưa phát triển. Tâm còn mang những loại tâm sở thấp kém khác như dã dượi buồn ngủ, không năng lực, hối tiếc, giao động, hay hoài nghi. Chúng ta không muốn có một cái tâm không trong sạch chất chứa các loại tâm thấp kém, bất thiện như vậy. Các loại tâm này tự phát sinh khi tâm ta buông lung, thiếu kiểm soát. Với chánh niệm bảo vệ cho tâm không bị các loại tâm bất thiện chi phối, nếu chúng xuất hiện, bạn ghi nhận và khắc phục được chúng bằng chánh niệm. Tâm của người thường không biết thiền tập thường bị chế ngự bằng các tâm bất thiện. Các tâm bất thiện này cỏn được xem là chướng ngại cho sự phát triển trí tuệ. Chúng ngăn trở không cho trí tuệ phát triển, hoặc làm suy yếu trí tuệ khi mới vừa sinh trưởng.
Các chướng ngại như ái dục, sân hận, dã dượi buồn ngủ, trạo hối, và hoài nghi làm cản trở không cho trí tuệ phát sinh. Một khi chúng xâm nhập vào tâm, chúng làm cho tâm suy yếu như cơ thể suy yếu khi bị vi trùng xâm nhập. Muốn không bị vi trùng xâm nhập, cần phải phòng ngừa. Nếu bị nhiễm bệnh, cần phải dùng phương pháp điều trị hiệu quả. Cũng giống như vậy, tâm bị suy yếu khi bị các chướng ngại xâm nhập. Cần phải dùng chánh niệm để đề kháng lại các chướng ngại này. Muốn cho tâm khỏe mạnh cần phải có phương pháp phòng ngừa. Đó là sự thực hành chánh niệm. Nếu không tu tập bằng thiền minh sát, tâm không bao giờ được khỏe mạnh để có khả năng chống lại các chướng ngại. Khi tâm tiếp xúc vật gì đó, tâm sẽ bị các chướng ngại khống chế ngay lập tức giống như một người yếu đánh vật với một người mạnh sẽ luôn luôn thua người mạnh. Tâm cần phải tu tập phát triển sức mạnh để có khả năng chống trả lại các chướng ngại. Nếu không hành thiền sẽ không thể làm tâm phát triển. Nếu không thực hành thiền định hay thiền Minh Sát, hay thiền Tứ Niệm Xứ, tâm sẽ vĩnh viễn suy yếu.
Do đó cần phải phát triển tâm để làm cho tâm có khả năng đề kháng các ô nhiễm. Danh từ bhāvanā, trong aquiditi bhāvanā, là sự phát triển tâm thiện phi thường, atikusala, một tâm thiện vượt trội tâm thiện thông thường. Bố thí vật chất bằng tâm từ bi là loại thiện nghiệp thông thường, một công việc xã hội mà ai cũng có thể làm được, nên bố thí không thể được coi là loại thiện nghiệp phi thường. Giữ gìn giới hạnh, với tâm từ bi không muốn làm hại người khác, không muốn gây đau khổ cho người khác, đồng thời bảo vệ được mình và bảo vệ cho người khác 1à một loại thiện nghiệp có năng lực mạnh mẽ hơn thiện nghiệp do bố thí. Giữ giới chưa phải là loại thiện nghiệp phi thường vì không có liên quan với sự phát triển tâm. Phát triển tâm khó khăn hơn đòi hỏi can đảm, nỗ lực mới tu sửa làm cho tâm được trong sạch. Do đó sự phát triển tâm được xem là thiện nghiệp phi thường.
Giới học chỉ có khả năng chế ngự tham sân si biểu hiện một cách thái quá, như khi quá tham làm phát sinh sự ích kỷ, khiến cho bạn mất sự nhẫn nhục, tha thứ, bỏ qua, hoặc khi quá sân cũng làm cho mê muội gây nên những hành động sai trái. Nhưng đối với loại tham sân si thông thường không thể chế ngự bằng giới
Tham thiền là phương pháp hiệu quả nhất để chống lại loại tham sân si thông thường, loại ô nhiễm thường chiếm ngự tâm. Có hai phương pháp phát triển tâm: thiên vắng lặng, samatha, và thiền minh sát.
Thiền vắng lặng làm cho tâm an tịnh thoát khỏi ảnh hưởng của tham sân si. Thiền Minh Sát phát triển được sự hiểu biết về tâm và vật chất cùng ba đặc tướng vô thường, bất toại nguyện và vô ngã. Sự hiểu biết này làm tâm thoát khỏi tham sân si.
Khi tâm chưa được tu tập, tâm thường bị giao động bởi ái dục như thích thấy vật đẹp, nghe âm thanh hay, là điều tự nhiên của con người sống trong cõi dục giới. Sân hận phát sinh khi kinh nghiệm điều không ưa thích. Dã dượi buồn ngủ làm cho tâm buông xuôi chiều tinh tấn, hoặc nếu ráng cố gắng chú tâm thì mau cảm thấy mệt mõi, đặc biệt thường phát sinh trong khi hành thiền. Phóng dật làm cho tâm không ở yên trên đối tượng đang quan sát, tâm trượt khỏi đối tượng, phóng chạy đây đó. Hối tiếc điều tội lỗi đã làm trong quá khứ, hay điều tốt chưa thực hiện được, làm cho tâm bất an giao động không ở yên trên đề mục. Hoài nghi không tin nơi pháp hành, nghi ngờ nhân quả, phân vân không biết đúng sai. Các loại tâm bất thiện này là những chướng ngại cho tâm, đối nghịch lại các loại tâm thiện phát sinh do sự tu tập cao thượng hơn. Chúng là kẻ thù bên trong chúng ta. Sự định tâm phát triển qua sự tham thiền có khả năng chế ngự được các chướng ngại và làm cho tâm an tịnh. Thiền vắng lặng và thiền định giúp chúng ta đạt được mục đích này. Đây là loại thiền thuộc thế tục, theo đó hành giả gom tâm tập trung vào đề mục thuộc tục đế. Thiền tâm từ thuộc về loại thiền thế tục. Hành giả nghĩ về người thân của mình, hướng tâm về người này, đặt sự chú tâm vào ý muốn mong cho người này được an vui hạnh phúc. Sự hướng tâm về người được rãi tâm từ làm phát triển chi thiền Tầm, vitakka, một loại tâm thiện có hiệu quả làm cho tâm an tịnh do sự hướng tâm trên đề mục được duy trì lâu dài. Nhờ giữ tâm an trụ được lâu dài, tâm thoát khỏi các chướng ngại như ái dục, sân hận, v.v... Một tâm thiện khác là chi thiền Tứ, viccāra, cũng được phát triển, khi tâm chà sát trên đề mục. Hai chi thiền này làm cho tâm tạm thời được an tịnh, đây là sự thực hành thiền vắng lặng, samatha bhāvanā. Khi tâm an tịnh, tham sân vắng mặt, chỉ có tâm vô tham và vô sân là hai loại tâm thiện phi thường. Sự an tịnh làm cho hành giả cảm thấy phấn khởi, vui thích, phát sinh hỉ, piti, qua nhiều giai đoạn. Hành giả cảm thấy hạnh phúc, an lạc. Thiền vắng lặng, samatha bhāvanā, làm cho tâm an tịnh khi tâm vắng bóng phiền não. Thiền định, samādhi bhāvanā, làm cho tâm an trụ chìm sâu trong đề mục.
Hành thiền vắng lặng hay thiền định đưa tâm phát triển qua bốn tầng thiền. Khi đến tứ thiền, tâm ở trạng thái rất an tịnh.
Tâm không bị ảnh hưởng bởi tham sân cũng như các tâm chướng ngại khác. Thực hành thiền vắng lặng làm cho tâm an tịnh. Nếu biết hành thiền vắng lặng, bạn cũng biết hành thiền định. Hai loại thiền này thuộc về loại thiền tục thế.